キャラクター

シオン・ウヅキ
Shion Uzuki

本ゲームの主人公。巨大複合企業、ヴェクター・インダストリーに所属し、KOS-MOS開発計画に携わる才媛であったが、グノーシス現象にヴェクターが関わっていることに気づき、半年ほど前に退社。現在は地下組織「スキエンティア」と手を組み、ヴェクターの悪事を明るみにするべく活動を続けている。
一見すると明るく前向きな性格に見えるが、幼いころ紛争に巻き込まれて両親を亡くし、3年程前にはKOS-MOS起動実験中の事故で恋人を亡くすという辛い過去を背負っている。今作では彼女の過去に詳しく触れることにより、14年前、旧ミルチアで起こった真実、延いてはシオンの本当の役割が明らかになっていく。

コスモス
KOS-MOS

人類に明らかなる敵意を持って接してくる謎の生命体「グノーシス」に対抗するためにヴェクター・インダストリーによって開発された戦闘用アンドロイド…となっているが、謎めいた行動が多く、別の目的も見受けられる。本来は感情を持たない戦闘兵器のはずであるが、シオンは何度かKOS-MOSに対して「感情の揺らぎ」を感じている。
KOS-MOSに「こころ」は存在するのか。今作ではそれが非常に重要な鍵となっていく。

テロス
T-elos

開発コードTP-XX、略式名称“T-elos（テロス）”。反応速度、ヒルベルト強度ともKOS-MOS実戦筐体の3倍の出力を誇る。KOS-MOSに替わるプロジェクトゾハルの要として登場した。
外見は髪や肌の色こそ違うものの、KOS-MOSに瓜二つ、設計元、設計者の詳細が一切不明。
一応現在の開発責任者は「ロート・マンテル」なる人物となっているが、彼の経歴さえも謎に包まれているというかなり怪しい代物である。
目的は不明だが、敵意を持つかのようにKOS-MOSに度々攻撃を仕掛けてくる。

アレン・リッジリー
Allen Ridgely

ヴェクター・インダストリー第一開発局所属。
シオンの退職により、KOS-MOS開発計画の新主任に着任した。
以前よりシオンに想いを寄せているが、今のところまったく通じていないようである。有名大学を卒業し、一流企業勤務、さらに実家は資産家というバックグラウンドをほとんど感じさせない切ない人物…と思われていたが、今作ではなんと命をかけてシオンへの愛の深さを証明する。

モモ
M.O.M.O.

この世界に広く普及しているレアリエン(合成人間)で、グノーシスを捕捉する能力を持つ「百式観測器」のプロトタイプ。
性格は素直で献身的。幼い外見から一見か弱そうに見えるが、E.S.の操縦や戦闘にも長けている。製作者は稀代の天才科学者と謳われたヨアキム・ミズラヒ（故人）と、ユリ・ミズラヒ夫妻。
体内にヨアキムの研究成果の集大成“Y資料”を保持していたため、その資料を廻ってトラブルに巻き込まれ続けた。Y資料解析終了後の現在は本人の希望もありJr.達のサポートに従事している。

アベル
Abel

プロジェクトゾハル統合先進技術試験場内でシオンが出会った少年。
試験場内に居住しているとのことで、現在はユリ・ミズラヒ（※1）の監視下にある。他者と言語コミュニケーションをとるということをほとんどしないため、回りのスタッフでさえ彼の声を聴いたことのある人は少ない。試験場内を勝手に徘徊しているらしく、度々捜索の放送が流されることも…
彼が試験場内にいる理由とは？

ネピリム
Nephilim

シオンの前に度々現れる少女で、ぼんやりと発光した身体からも分かるように、おそらく人ではない。
近頃シオンの身体に起こっている不調についても何かを知っているようで、以前よりもさらに謎めいた言葉を口にし、シオンを翻弄する。アベル、ケイオスとも顔見知りのようで、特にケイオスに対しては、時に責めたてるような言動をすることも。