前作のラストで危機を脱出し、第二ミルチアへと到着した貨客船エルザ。シオンは命令どおりKOS-MOS引渡しのためJr.たち一行と別れてアレンとヴェクター二局を目指す。二局でシオンはKOS-MOSの第3種兵装のデータを見せられる。戦闘兵器であるはずのKOS-MOSだが、シオンは KOS-MOSに対して妹のような感情を抱いていた。 シオンは、KOS-MOSを引き渡すことに 拒絶の意思を示してしまう。
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